PHP viene por defecto configurado para que no se suban archivos de más de 2MB Por tanto, si no han cambiado este valor, si tu archivo de texto ocupa más de 2 MB entonces no hace nada, mejor trocea las consultas.
De todas formas por experiencia de digo que trates de no subir archivos de más de 500 Kb en consultas MySQL pues el server corre peligro de explotar
