Hola strogoff:
No he comprendido muy bien lo que quieres, pero intentaré orientarte.
Para copiar a una carpeta del servidor, debes usar un lenguaje que funcione en el servidor como php, asp, perl... y si el servidor es del estilo unix/linux debe tener unos atributos que lo permitan (chmod 777 o algo así) pero eso ya sería una pregunta para php, asp, cgi...
Si no quieres pasar el file como parámetro, puedes pasar ese "nombre de fichero" como el value de cualquier elemento del tipo text o hidden, y comprobar que al hacer el submit se actualiza el valor, por ejemplo usando el evento onsubmit en la etiqueta form.
También puedes pasar datos entre páginas si están abiertas y tienen dependencia (opener, parent...) o añadiendo el nomre de fichero como un parámetro al hacer un link.
Dime si te sirve de algo lo que te he dicho.
Saludos
