Pues verás, es algo más sencillo de lo que te imaginas...
La guinda esta en hacer que CADA BANNER en vez de abrir una página nueva al ANUNCIANTE, abras una página, creada POR tí, la cual cuante cuantas veces se ha abierto y después le redireccionas a la página del anunciante...
LINK DEL BANNER --> <a href: cuenta_cliks.asp?banner=1>
en la pagina cuenta_cliks.asp recoges la variable por querystring del banner que es, haces una suma en la base de datos, y redireccionas a la web del anunciante.