A mi me pasa lo mismo
He instalado el IIS en Win 2003 Server
luego me baje el PHP
lo instale con opcion a IIS4 o superior
me fui al administrador de IIS
seleccione mi website (para agregar la extención .php como valida).. y ya estaba asignada, me imagino q al instalarlo con opcion a IIS 4 o superior, lo hizo automaticamente. 
Pero cuando abro una pag. desde el explorer me sale q no la puede encontrar 
Sin embargo si me abre las html y las ASP 
Y necesito correr pags. ASP y PHP... o sea, no me sirve el Apache para mis necesidades.... 
   ¿QUE HAGO?!!!   
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Lo peor de todo es que instale appserv(q trae apache, mysql, php y phpMyAdmin junto en una sola aplicacion)
Me funciono bien... 
pero se me ocurrio desinstalarlo para instalar el IIS y probar con php para IIS (ya q tambien necesitaba correr ASP)... pues.. al final no corrio nada, desinstale el IIS y reinstale el Appserv...
ahore me quede sin conexion a MySQL...
mis paginas me dan error al conectarse a las bases de datos
sin embargo phpMyAdmin si se conecta....
QUE ROLLO!!