El particionar un disco con NTFS optimiza el espacio en discos grandes y es la particion "nativa" de Windows XP.
El problema que vas a tener será si quieres acceder de la particion de FAT32 (Win98) a la NTFS(WinXP) ya que no la va a reconocer, lo que no sucederá, si accededes de la NTFS a la FAT.
Saludos
