Como no especificaste la BD, voy a tomar de ejemplo MySQL.
Función a usar REPLACE:
Código PHP:
UPDATE tabla
SET campo = REPLACE(campo, ",", "")
Ejemplo
campo
Esto, es una prueba
Segunda prueba,,
Tercera prueba
AL ejecutar el UPDATE, debería quedar así:
campo
Esto es una prueba
Segunda prueba
Tercera prueba
Nota: Ejemplo tomado para MySQL, si usas alguna otra BD, busca en la documentación si existe REPLACE o alguna función similar.