No comprendo para que vas a usar el Partition Magic para formatear una partición si el 2000 trae su propio administrador de discos. Dale botón derecho sobre Mi PC, Administración, Almacenamiento, Administración de Disco. Ahi te va a mostrar tu o tus HD y si tenes tu disco primario particionado. Ahi podes eliminar y reparticionar (OJO todas menos C:).
Si solo vas a formatear una partición existente, ejecutas el explorador, te vas a la partición existente, le das botón derecho y luego seleccionas FORMATEAR.
Ahora, si lo queres es reparticionar C: y queres usar el PQMagic, debes usar la versión 7 en adelante ya que de la versión 7 en adelante es soportada por 2000.
Un consejo es que si vas a realizar particiones con el PQMagic, es defragmentar todas las unidades para evitar pérdidas de datos.
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Disk Manager y Partition Manager