En un archivo de extensión .js te defines tus funciones de javascript, haces el "include" de ese archivo en tu página mediante la sentencia:
<script type="text/javascript" language="JavaScript1.2" src="funciones.js"></script>
... y puedes utilizar las funciones definidas en ese archivo, así como las variables globales ...
recuerda que en un archivo .js no puedes poner los tags <script> y </script>, sino solo codigo y funciones javascript.
Un saludo
Txarly