1) .. El mejor método para actualizarse es aprender a Instalar todo por separado y configurarlo .. Así actualizas lo que necesites en el momento que necesites y no todo el "paquete" como suele pasar si vas a usar algo tipo AppServ y similares ..
Para esto tienes una guía -Paso a Paso- en:
http://www.maestrosdelweb.com/editorial/phpmysqlap/
2) Basicamente instalan mas o menos aplicaciones .. tomando como base PHP, Apache y Msyql .. Algunos traen en su "paquete" cosas como phpMyadmin, .. o PHP-Nuke entre otras aplicaciones .. e incluso pueden trae hasta otros lenguajes como Perl ..
3) .. No entiendo a que te refieres con eso .. Pero, supongo que sabras ya que PHP-Nuke es una aplicación pre-fabricada tipo "CMS" (Content Manager System) .. así que si quieres puedes hacer módulos para este; programados en PHP .. pero el lenguaje es "PHP" .. PHP-Nuke es sólo una apliacación escrita en dicho lenguaje.
Un saludo,