Hola,
Es sencillo, inicias la PC con el disco de inicio en tu disquetera y cuando carga, tecleas format c: (o el nombre de la unidad a formatear), y esperas a que finalice el formateo.
Luego inicias nuevamente la PC con el disco de arranque y el cd de windows insertado en tu lectora y cuando carga, tecleas instalar (con windows 98) o transformas los archivos (siguiendo los pasos) a NTFS para Windows 2000/XP (si es la primera vez que los instalas y tu PC tiene archivos en FAT32). Luego de esto sigues los pasos de instalación.
Saludos