Hola,
El disco de arranque es el disquete que venía con Windows cuando lo compraste. Si es pirateado, puedes crear uno (en Windows 98) desde Inicio > Configuración > Panel de Control , allí haces click en Agregar o quitar programas. Dentro de éste, haz click en la solapa Disco de Inicio y allí, haces click en el botón Crear disco.
El cd de windows es el cd instalador. Si compraste, por ejemplo, Windows 98, vienen dos cd's, uno titulado "Aquí empieza", y otro titulado "Instalación de Windows 98". El cd instalador es el segundo. Si tienes cualquier windows pirateado, no creo que te hayas molestado en copiar el cd de tutoriales, por lo que es el único cd que tengas. Por mi parte, te recomiendo instalar Windows 2000 Professional, es excelente.
La única forma de hacer tus backups de información es con una grabadora de CD's. Si no tiene una, puedes hacerlo mediante zips o disquetes, pero claro que si tienes mucha información, esta tarea sería muy tediosa.
Saludos