Yo pienso que el error se genera por no cerrar y liberar las consultas a la BD.
A mi hace un tiempo me dio mucho ese error, no sabia por que no era seguido ni continuo, de hecho si no reinicias el server no puedes continuar niguna otra consulta.
Mi recomendación es que revises los query's a la BD por que es posible que estes dejando conexiones abiertas y esto carga la memoria hasta que no se pueden realizar otras tareas.
