Bueno, la informacion que pides es muy amplia, y yo no se demasiado acerca de ello, tan solo te dejare clara un par de cosas:
1)los cortafuegos, por norma general se utilizan para controlar/impedir el paso externo por alguno de los innumerables puertos abiertos que deja tu modem al estar conectado a internet.
2)Por tanto, aunque son muchos programas los que lo usan, desde el win xp ( opinion personal:
), pasando por los antivirus ( como el norton ) llegando hasta programas que se dedicas exclusivamente a ello; por ello traen problemas y conflictos con el uso de programas que necesitan de una coexion externa, es el caso del emule. De todas maneras todos los firewall son configurables, para dejar o permitir el acceso a tu pc desde los puertos que tu elijas. En el caso del win xp debes irte a conexiones de red, pinchar en propiedades sobre el icono de tu conexion a internet y buscar en opciones avanzadas la opcion que pone impedir el acceso de otros usuarios.... habra una casilla de configuracion para que puedas añadir o quitar los puertos que quieras.-