Instalaciones incompletas

[safe]

Para empezar tengo que aclarar que soy mas que nuevo en el mundo linux.

Hace unos dias instale en una maquina el SuSe linux 9.0 y desde ese dia no dejo de instalar y desinstalar programas para probar todas las posibilidades que tiene este magnifico S.O. Ahora bien, en muchas oportunidades, por una u otra causa, la instalacion queda incompleta y me surgieron estas dos preguntas:

1- En ciertas ocaciones cuando intento compilar algunos archivos, me da error en algunas de las etapas (./configure y/o make) que pasa si en ese momento decido no instalar la dependencia que falta o simplemente decido no instalar el programa: ¿tengo que borrar algo de todo lo que se ha realizado hasta el momento y de ser asi como puede saber que archivos se han creado o modificado?

2- Porque hay ciertos programas no funcionan pese a que el paquete RPM fue instalo sin problemas (en muchas oportunidades cuando ejecuto el programa me aparece el icono como si se estubiera cargando pero al cabo de un tiempo desaparece y el programa no se carga)