Lo mas seguro de lo que tenes no es un problema con el I.E. sino que tenes un virus tipo, Blaster, Adware o algun tipo de derivado.
La funcion de este tipo de virus que se instala sin el consentimiento del usuario simplemente si bajas un programa o visitas una pagina de no mucha confiansa es abrirte publicidad osea Pop-up constantemente y cambiarte la pagina de inicio de I.E. que por mas que la cambias manualmente no vas a poder dejar la que tu quieras hasta que encuantres y elimines el virus.
Recomendaciones:
1) Primero corre tu antivirus regular por si las moscas lo encuentra (Dificil por 5000)
2)Entra en esta pagina
http://www.vsantivirus.com/main.htm#av aca podes encontrar todas las erramientas necesarias para buscar y sacar el virus, o tambien en la pagina de symantec.com
3)Bajate tambien de ahi algun cortafuegos los cuales te avisan si te quieren cambiar la pagina de inicio dentro de otras cosas.
4)Si llegas a encontrar algun tipo de estos virus una vez que bajes las erramientas para borrarlos, tenes que desconectarte de internet por completo osea sacar el cable de tu maquina directamente hasta que lo borres.
5) Tambien en win tenes que apagar el systema automatico de restores desde las propiedades de tu pc.
6)Si precisas mas ayuda a las ordes
SAlu2
El Piedra