Hola, compañero:
Creo que te has hecho un pequeño lío por culpa de Microsoft
.
La versión que dices que es la 4.x es Windows Messenger, programa que forma parte del sistema y que no se deja desinstalar (creo que con el SP1 sí se puede).
La versión 6.1 se corresponde a MSN Messenger y es la última versión, como bien dices.
Si te quieres librar de la versión de Windows Messenger 4.x utiliza
este pequeño programa antiespia gratuito, útil y en español (al final de la página).
Saludos
