Las ventanitas esas no son del Messenger, sino del servicio mensajero de windows. Lo recomendable es tenerlo deshabilitado, así desaparecen
- Click derecho en Mi PC -> Administrar -> Servicios y aplicaciones -> Servicios
- Buscar el servicio "Mensajero".
- Click derecho encima -> Propiedades
- En "Tipo de inicio" poner deshabilitado.
- Reiniciar el equipo.
Espero que sirva
