Hola
Bueno, te puedo recomendar este programita, del que por cierto existe tambien la versión de servidor.
http://filezilla.sourceforge.net/
Este programita, es pequeño, muy configurable, eficiente y con una gran soporte, la verdad es que desde que lo probé, me agradó mucho
Respecto a lo de cambiar los atributos de los archivos, bueno, ese es un tema delicado, depende mucho de a que tipo de sistema te estés conectando, si te conectas a uno de tipo windows, será como en tu disco (si tienes windows) pero si te conectas a un sistema Unix o Linux, los permisos son diferentes, te recomiendo que te muevas con cuidado con ese tema y que busques algo de documentación al respecto.
Suerte
Felicidad