Depende el antivirus que tengas.
Yo tengo McAfee y siempre cuando prendes la PC por omisión antes que nada checa el Boot Sector del disco duro para poder inicar el sistema.
Ya si lo que quieres es hacer un escnaeo de toodo el disco es mejor hacerlo de forma manual o en todo caso puedes programarlo para que lo haga una vez al día o a la semana, es lo más conveniente pues escanear todo el disco con todos los archivos puede tomar un buen rato dependiendo que tan grande sea el disco y la cantidad de información que haya en él.
Eso te puede quitar tiempo.
