Algunos GUI para Mysql (windows) que puedes usar para implementar tu modelo relacional "de forma visual" (y automática si usas tablas InnoDB) son:
Mysql Studio (Navicat)
www.mysqlstudio.com
EMS Mysql Manager
www.mysqlmanager.com
(dicen estar preparados para Mysql 4.1.x por si te animas a probar las versiones "beta" de Mysql ..)
Un saludo,