Hola
Es posible cerrar ambas ventanas,para esto, basta con este código:
function cerrar_dos() {
opener.close();
self.close();
}
Y lo puedes llamarde esta manera:
<a href="javascript
:cerrar_dos()">esto cierra esta ventana y la que la abrió</a>
Pero te diré que en explorer, al cerrar la ventana padre, te preguntará si estás seguro de quererla cerrar.
Suerte
Felicidad