Hola... se me ocurre que hagas un archivo bat que sea el que se encargue de instalar todo lo que necesitas..
.,(que instal el framework, despues tu msde y por último tu aplicacion..) despues si tu quieres puedes bajar un programa que pase de bat a exe para que le puedas cambiar el ícono(además de darle seguridad para que nadi vea lo que haces en tu bat)
Salud2
