El directorio donde esta el proyecto lo ha creado el visual studio automaticamente o lo has creado tu manualmente? es que si lo has creado manualmente en el IIS5.0 tienes que crear un nuevo punto virtual que apunte a dicho directorio.Mira ver si es eso.Si no a ver si puedes extender un poco mas el error de que el proyecto no esta configurado,porque me suena un monton ese error y no se de que.
Un saludo y suerte