Hola lantrax:
Hace poco respondí algo muy parecido
Prueba abrir la ventana con una variable e inmediatamente darle el foco:
var ventanita = window.open("otrapagina.html", "ventanita", "width=300,height=300");
ventanita.focus();
Si es lo que necesitas y te va bien, avisa.
Saludos
