Revisando la documentacion me encontre JNDI Datasource HOW-TO ?, ahi dices como implementar un DataSource-Pool de Conexiones, ytilizaré esta forma para conectarme a mis bases de datos, a ver como se comporta.
Cheken la documentacion en:
http://localhost:8080/tomcat-docs/jn...les-howto.html
Tiene varias etiquetas que hay que tomar en cuenta.
Saludos