Es bastante seguro si sabes que es lo que tienes que hacer.
Yo lo he hecho algunas veces y no he tenido problemas.
1) Busca EXACTAMENTE el modelo de BIOS para tu motherboard, lo prefiero a buscar sobre el chipset/CMOS, eso lo encuentras en el sitio del fabricante.
2) Busca una herramienta que te permita hacer un backup del BIOS actual para ponerlo de regreso en caso de desastre
3) Prefiere las herramientas de flashing sobre DOS que sobre Windows.
4) Si tienes no-break úsalo
5) LEE las instrucciones ANTES de iniciar el proceso
Con eso creo que es bastante seguro.
Balancea, si no tienes problemas quiza mejor te convenga hacer lo que te dice santiagozky; pero si no te lo sacas de la cabea, pues aventurate.
Si fuera tan peligroso no vendría como una opción común
lo malo es que en caso de desastre es cierto... es dificil o imposible recuperarla.