galvi, hay cosas que deberías tomar en cuenta en cuanto a migrar de Access :-p a MySQL
Primero, las consultas no se almacenan como en access, para ese caso podrías tener 2 opciones... Crear una tabla llamada (por ejemplo)
tquery con 2 campos: nuquery, query. En nuquery va el número de la consulta (llave) y la consulta almacenada. Si alguna de las consultas necesitan parámetros, se puede especificar con algún comodín. Eso es más que todo de diseño. La otra opción es que tengas esas consultas ya definidas en la lógica del Visual Basic, pero si en donde laboran estan pensando en una intranet, podrías ir pensando en migrar la programación a ASP o PHP, dandole enfasis a PHP.
Segundo, los QUERYS en Access no son 100% compatibles y tendrías que investigar en caso que alguna no te funcione.
Si fuera yo el de esa oportunidad, te aseguro que la tomaría porque entrarías en lo que es desarrollo de web. Teniendo el cuidado de indicar la curva de aprendizaje para que no te presionen, seguirle dando mantenimiento a lo actual mientras vas migrando a web.
Ventaja: Si cambias la lógica en web, los cambios entran de inmediato sin necesidad de instalares algo adicional a tus clientes. Estos solo deben tener un browser instalado y como es navegar, la información puede ser accesada en wintendo, MaCOS, linux, unix, etc.
Desventaja: El tiempo para aprender que si le pones empeño es muy corto.
Nota: La ventaja y desventaja que te estoy indicando es particular para tu caso y mi punto de vista.