Bueno no soy un experto en buscadopres pero dare mi opinion por partes:
Si los links estan en javascript lo peor es que los motores de busqueda no indexaran el resto de paginas de tu sitio web y simplemente se quedaran en la portada.
Sobre el PR directamente por eso no creo que baje, ya que para el PR sobre links lo que mas importa es cuantos sitios te linken a ti no cuentos sitios linkes tu, tener pocos links es mejor que tener muchos links de tu web hacia otras webs.
Sobre dar de alta cada una de tus paginas, no creo que cuele de esa forma si estan bajo el mismo dominio.
Saludos
