Lo primero que tienes que haver es ver si tienes el intérprete de perl instalado en tu máquina, para que esta pueda entender y procesar tus scripts...Para instalarlo bajo windows visita
www.activeperl.com ahora bien...Cuando lo instalas en el disco rígido C: generalmente lo que debes poner en la primera linea del script es
C:/perl/bin/perl.exe
Esto hará que el script se ejecute con el intérprete que se encuentra en la carpeta bin, del directorio C:/perl
Pero te repito, esto solo funcionará si tienes el interprete instalado en tu PC.
bueno, fijate si te funciona y cuanquier cosa pregúntanos
Espero que te sirva
PD: Para probar si funciona create un script bien sencillito que solo devuelva un string de "hola mundo", para estar seguros que las cosas funcionan
Por si no tienes un código de hola mundo acá te dejo uno
C:/perl/bin/perl.exe
print "content-type: text/html \n\n";
print "Hola Mundo";
exit(1);
Saludos