hum... prueba a añadir esto
<script language="JavaScript">
var cont = 0
function ventanaSecundaria1 (URL){
if(cont > 0){
if(!Ventana_uno.closed){Ventana_uno.close();cont--}}
Ventana_uno=window.open(URL,"ventana1","width=500, height=405, left=78, top=110, status=no, scrollbars=no, menubar=no, location=no, resizable=no");
cont++
}
</script>
Y luego haces la llamada así
echo "<a href=\"javascript
:ventanaSecundaria1('rac_fichaarr .php?vin=$nrovin&ind=$apunte')\""
aunque te sugiero la realices así
echo "<a href=\"rac_fichaarr.php?vin=$nrovin&ind=$apunte\" onclick="ventanaSecundaria1('rac_fichaarr.php?vin= $nrovin&ind=$apunte');return false\""
