problemas por linux

[daboco]

Tengo instalado windows Xp en la unidad C: y tengo otro disco duro como unidad D: y tenia una particion en D: y la puse F: en la F: tenia linux instalao y resulta que formatee y a la unidad F: le puse Windows 2000 y cuando se termin la instalacion y todo pues no me sirvio osea no arranca el windows 2000 aparece una pantalla llena de estos numeros "99 99 99 99 99" como puedo hacer para que el windows 2000 inicie!! al parecer como el sistema LILO del linux desaparecio causo un conflicto y cuando instale el windows 2000 en la particion del linux pues el windows XP no cojio el arranque!! el formato que tienen las unidades es NTFS trate reconstruyendo el boot.ini del windows y no me da al parecer no hay un enlace especificado en el boot del windows 2000 y por eso el windows XP n reconoce mas sistemas operativos (OS)

si no entienden lo que digo me pueden volver a preguntar yo puedo reconstruir mi problema!!!