En cuanto a tus dudas:
1 - El eDonkey usa sistema de hordas para avanzar en las colas, el eMule en cambio utiliza sistema de créditos. A parte de eso, no hay muchas más diferencias muy relevantes, a unos les va mejor uno y a otros les va mejor otro (luego están a los que no les funciona ninguno)
2 - La gente usa mas el eMule, así que puede que sea el mas recomendable. No obstante igual pruebas el eDonkey y te funciona mejor...
3 - Los eLinks funcionan con ambos (eDonkey y eMule), en todas sus versiones (por lo menos las de los últimos meses)
4 - Que yo sepa no necesitas la última versión, pero siempre es recomendable, pues en cada versión se añaden nuevas funciones y se eliminan bugs. No obstante, hay gente que sigue con versiones bastante antiguas, ya que les funciona mejor así.
5 - La última del eDonkey: 7.30.04 (
edonkey.com), la última del eMule: 0.42d (
emule-project.net)
6 - Son buenos porque al usarlos miles y miles de personas, encuentras y descargas archivos con relativa facilidad. Aun así hay gente a los que no le funciona muy bien (como yo por ejemplo
)
Nota: Si no te funcionan bien pasate a Bittorrent. Sin servidores, sin colas, sin esperas... cargas el archivo .torrent y a bajar al máximo
Salu2