Hola gabyweb:
Puedes usar otro "target" en el envío, y luego cambiar el action del form y volver a hacer el submit para luego cerrar la ventana...
<form target="otro" onsubmit="ventana=window.open('', 'otro', ''); this.submit(); this.action = 'otroCGI.html'; this.target = ''; this.submit(); ventana.close()">
Espero que cojas la idea, ya que no tengo tiempo de probarlo.
Saludos
