ummm.....
bueno se me ocurre poner algo asi como:
window.opener.location.href = "pagina.html";
en la pagina que se abre en el popup.
O sea en cada link de la pagina abierta en el popup:
<a href="#" onclick="doNavega('estapagina.html')">un link</a>
y el script (en esa misma pagina):
<script language="JavaScript">
function doNavega(aqui){
window.opener.location.href = aqui;
window.close();
}
</script>
suerte.