Hola,
La gran diferencia son los requisitos y sus funcionalidades. JSP y ASP.NET son poca cosa aislados de J2EE y .NET, asi que su fuerza radica en su integracion con esas plataformas. CF, me suena que solo funciona con los servidores de Macromedia. PHP funciona con muchos SO y muchos servidores web (aunque sea en forma de CGI). Python, PERL, C/C++ y demas CGI, estan mas o menos al nivel de PHP CGI (aunque existen modulos de apache para PERL y Python, no se si estan tan maduros como el de PHP). Tambien hay diferencias en recursos consumidos y en escalablidad (PHP se puede considerar mas "ligero" que JSP y ASP.Net).
Tal como lo veo yo, no es que un lenguaje sea mejor o peor (tienen diferencias, claro, y puntos fuertes y debiles). La eleccion del lenguaje depende de 2 cosas: del proyecto y del equipo de desarrollo. Aunque PHP sea (hipoteticamente hablando
) superior a ASP.Net, si el equipo de desarrollo domina ASP.NET y apenas conoce PHP, esta claro que la mejor opcion es ASP.NEt (un mal programa es peor que un buen programa). Y si la aplicacion tiene que ejecutarse en un servidor IIS e interactuar con componentes .Net, la opcion mas logica (a igualdad de conocimientos de PHP y ASP.NET) es ASP.NET (aunque desde PHP tambien tienes posibilidad de usar componentes de .Net). Y de la misma forma que digo PHP y ASP.NET, podria hacer analisis semejantes para CF, CGI, JSP, ...
Asi que la respuesta adecuada es: depende de las circunstancias
Saludos.