En principio sólo necesitas usar SSL y comprar el certificado SSL para tu dominio. Toda esa gestión te la debe hacer tu proveedor de Hosting que uses.
Con SSL aseguras la comunicación entre tu cliente y el servidor (navegador del usuario y tu servidor) de forma encriptada, segura y fiable (por el certificado que asegura que ese
www.tal.tal eres tu y no otro).
Por lo demás .. en principio no sé como estás planteando el problema del pago electrónico pero, podrías acercarte a tu entidad financiera y solicitar una pasarela de pago. En ese caso es tu banco el que te proporcina la página donde se realizará el pago seguro (bajo SSL) y son ellos los que aceptaran várias tarjetas como médio de pago.
Muevo tu pregunta al foro de e-bussines para que te orienten al respecto. PHP y Mysql no tiene mucho que ver en todo esto .. pues el SSL por ejemplo se instala sobre el servidor HTTP que uses (y si usas un servicio de hosting esa taréa no la haces tu sino que la solicitas y pagas por el servicio), cara a PHP es transparente todo esa encriptación que se hace entre cliente y servidor.
Un saludo,