Por supuesto que también puedes. De hecho, la partición se hará del espacio que tengas libre.
Pero hay un problema, y es la letra de la unidad C. Si tienes instalado windows en C, toda la instalación de tus programas, referencias a windows, etc..etc... van a dejar de funcionar.
Otra cosa diferente es que le quieras dar la letra que quieras a la unidad nueva que vayas a crear. Esto lo puedes hacer incluso con el administrador de discos de windows. Pero ojo..!! primero creando la partición con PQMagic.
Salu2