En la capa de acceso a datos deberas crear los procedimientos almacenados,entre otras cosas,para conseguir las 3 capas y tambien por motivos de seguridad,piensa que un procedimiento almacenado para que se ejecute le tienes que pasar los parametros que coincidan con el tipo que se ha declarado en el procedimiento almacenado(cuestion de seguridad) y la razon principal es que asi no colocas lineas que modifiquen directamente tu base de datos en la página web con los problemas de seguridad que eso te podria acarrear.
Si lo deseas te puedo mandar una copia de mi proyecto de fin de ciclo,no es extenso debido al poco tiempo que tuve para realizarlo,pero esta hecho siguiendo la metodologia RUP y en 3 capas,si lo deseas ya sabes,un saludo
