Problemon al cargar windows

[TheGhost]

Tengo una pc, que contiene 2 disco duros (c: / e: ), en uno estan los programas y sistema operativo (windows2000). En el otro solo documentos, etc.
Instale internet, luego los parches respectivos de seguridad, luego instale el Kaspersky y empeze a scanear.
Elemine los virus que encontraba, excepto unos, muy curiosos que no lo podia borrar ya que pedian una contraseña
Entre a Modo aprueba de fallos y borre, manuelamente, la carpeta de origen de esos virus o backdoors (estaban en c: ).
Reinicie y ahi fue cuando comenzo mi rpoblema, que luego de que aparezca el logo de Windows 2000 pro, no llega a cargar el escritorio, y vuelve a reiniciarse.
Asi una y otra vez. No carga el escritorio, sino que llega al logo de windows y vuelta al reinicio.
Lo raro es que si carga en Modo aprueba de fallos, pero en modo normal no.

Que puede ser?? como puedo solucionarlo sin tener que reiniciar??

Pase el scandisk para detectar errores, pero el resultado es el mismo.

Saludos
The Ghost