En las FAQ's de este foro tienes un ejemplo para generar un .xls que pueda leer Exel. En realidad Exel toma una tabla HTML común como estructura válida de columnas/celdas. Lo mismo que con un CVS (campos separados por comas).
Podrías hacer eso, .. exportar tus datos de Mysql a CVS -> trabajarlos en Exel y subirlos a tu servidor para luego interpretar el CVS que subistes y crear/actualizar los registros que corresponda.
También tienes soluciones que usan "COM" (
www.php.net/com) lo cual requiere que tengas instalado PHP Bajo windows y con el Office instalado en el servidor. Pero esta es la forma que pides .. el archivo se genera al vuelo .. se abre tu Excel .. trabajas y al guardar lo guardas en tu servidor o sigues con el resto del proceso que corresponda (como llevar esos datos hacia Mysql).
Y .. buscando en google veras alternativas que no usan COM (lo cual le hace independiente del S.O. del servidor o módulos adicionales instalados en el) .. La mayoría son comerciales ...
Un saludo,