Prueba a hacer una cosa, sal de esa base de datos de Access, y asegurate que nadie esté conectado a tu base de datos en SQL-Server, comprueba que conexiones existen a la base de datos, y si existiera alguna, eso puede ser algún proceso que se quedo colgado esperando algo, mata esa sesión y vuelve a intentar hacer los cambios, cuando te vuelva a pasar lo mismo, comprueba si cerrando Access y abriéndolo de nuevo te sigue pasando, y si es así...
debes comprobar tus índices, puede que tengas definidos demasiados y alguno de ellos te esté interfiriendo en diferentes registros.
Una última sugerencia, inserta en la tabla en cuestión un campo tipo timestamp, y comprueba si mejora el rendimiento de tu tabla en cuanto a bloqueos
Un saludo
