Sea como sea, si el resultado final es una sola página (aunque sea un collage de includes, o texto insertado desde otro archivo usando el FSO) así le llegará a google.
Tengo mi sitio hecho así y google lo indexa todo correctamente. El menú es un include y los contenidos son sacados de otros archivos que se incluyen con el FSO y están indexados como documentos únicos.
... no sé si logré explicarme....