Cita: Entonces, si ese usuario de la web sube archivos al servidor, solo habrá que darle permisos de escritura en el directorio correspondiente en el sistema Linux, al usuario y al grupo creado para Apache. ¿es así?
En principio es así .. para un "upload" por HTTP .. como el que podrías controlar con PHP por ejemplo. En ese caso como "interprete" PHP también corre bajo cierto usuario dependiendo de su instalación: si es como CGI .. del usuario que le asignas a este . .y si lo instalas bajo módulo de Apache (mod_php) en tal caso hereda los permisos de este.
Con Perl bajo Apache .. supongo que será lo mismo .. y en general con el lenguaje del lado del servidor que uses para hace efectivo un Upload HTTP.
Un saludo,