En lo personal me agrada:
(windows)
Para Administrar, ejecutar y crear consultas SQL (con sus asistentes de consultas SQL) y demás:
EMS Mysql Manager
www.mysqlmanager.com
Navicat (antes Mysql Studio)
www.navicat.com
Para "modelar" BD .. DBDesigner.
Y para taréas especiales tipo traspaso de datos ODBC (Access, y otras) <-> Mysql: Mysql Front (
www.mysqlfront.de)
Por otro lado .. phpMyadmin (
www.phpmyadmin.net) para administrar Mysql bajo entorno web (bajo un navegador).
Un saludo,