Pues formatea la seccion de MBR (desde ms-dos si quieres), luego entras a knoppix con disco de arranque, cuando estes en el sistema, baja el grub (lilo para mi ya es el pasado...), copilalo y haces lo siguiente desde consola (root):
grub-install /dev/hda
update-grub
Nunca he instalado el Boot desde el disco de rescate, pero supongo que en
http://www.esdebian.org (seccion de articulos), explican como, hay un articulo de como rescatar sistemas con knoppix.