como te dice el amigo renegado.... cuando ejecutes el cd de windows xp sobre win98 (estando en el sitema operativo) tendras dos opciones de instalar: NUEVA y ACTUALIZAR.... le das actualizar y el debe instalarte sobre esa particion... asi mismo el te dejara intactos tus documentos y demas archivos personales
pero si deseas formatear posteare paso a paso para q lo leas con calma.....