imagino que tu problema está en las rutas relativas dentro de tu sitio. Si configuras un sitio con dreamweaver, las rutas las pone bien, pero si no estableces un sitio, las rutas te las coge completas, osea, la página "micarpeta\index.html" con un sitio bien definido, estaría correcta, pero si el sitio no lo defines bien, la ruta seria "//c:/micarpeta/web/misitio/index.html", por lo que otro sitio quizá no lo entienda bien, y por eso no lo encuentra.
Salu2
Nathan