veras, no me gusta mucho windows, por lo que lo uso lo menos posible.
Pero para crear un bat basta que abras un block de notas, que escibas ahi lo mismo que escribirias desde la consola MS-DOS, es decir, por ejemplo, si tu aplicacion esta en la carpeta llamada c:\aplicacion y se llama el archivo principal, Principal.class y tu JDK estuviese instalado en c:\j2sdk1.4.2_06, tu .bat deberia ser algo asi
Código:
SET PATH=%PATH%;c:\j2sdk1.4.2_06\bin
cd\
cd aplicacion
java Principal
Con eso deberia funcionar.
Saludos