La verdad no estoy segura que funcione, pero si quieres evitar que las páginas que están dentro de los IFRAME queden en el historial, puedes probar colocar en cadaenlace que redirija a una página dentro de un ifram, el siguiente código:
<a href="javascript
:window.location.replace('pagina.h tm')">LINK</a>
Pruébalo a ver si te sirve.
Saludos!!