Hola:
Cuando ejecutas una página con JavaScript desde el dico local C:\ siempre te van a aparecer este tipo de alertas, ahora, cuando la publiques en algun servidor Web (preferentemente el mio
) no vas a tener que lidiar con este tipo de problemas, salvo que tengas alguna ventanita Poup que se abra automáticamente al cargar la página, que seguramente ya lo viste en distintos sitios Webs y sitios en los que se ofrecen descargas automáticas, etc...
pues bien, cualquier duda, avisame,esty a tu disposicion.
Saludos